+ Больше пинов, совместим с 5V-модулями без лишних преобразователей.
+ Проще для начинающих — меньше нюансов питания и совместимости.
− Нет сети — удалённый доступ к данным или управлению не предусмотрен.
Плюсы и минусы: ESP8266 D1 Mini
+ Встроенный WiFi открывает целый класс проектов — на сайте уже десятки статей с паттернами "веб-панель", "веб-управление", "удалённое уведомление" именно на этом чипе.
− Строго 3.3V — многие дешёвые 5V-модули (например, RC522) нуждаются в согласовании уровней, иначе есть риск повредить модуль.
− Меньше свободных GPIO, чем у Uno — в сложных схемах пины быстро заканчиваются.
Какой выбрать
Проекту не нужен удалённый доступ — просто датчик/мотор/дисплей в одном месте — берите Arduino Uno, проще и без нюансов 3.3V.
Нужна веб-страница с показаниями, удалённое управление реле/мотором, или push-уведомление о событии — берите ESP8266 D1 Mini, но заложите время на разбор уровней напряжения для подключаемых 5V-модулей.
WiFi не бывает "бесплатным" — это ещё одна точка отказа (сеть может пропасть) — для критичной автоматики (например, аварийное отключение) локальная логика на Uno/любой плате надёжнее, а WiFi хорош как дополнение, не как единственный канал.